近年来，科技局围绕构建“如鱼得水、如鸟归林”的创新生态，聚焦产业发展，推进重点创新平台、企业研发机构建设。
全市累计引进25家国内“双一流”高校以及中科院系统科研院所注册成立33家科研院所（中心），加快集聚了国内外优质创新资源，改善了科技创新基础设施条件，深化了产学研紧密合作，推进了科技成果转化与产业化。目前，共有列入省统计新型研发机构23家，省公共服务平台16家。其中，海安南京大学高新技术研究院连续三年获批江苏省新型研发机构奖补项目；北京大学生命科学华东产业研究院打造高层次百人研发团队，孵化20多个先进性和引领性生物医药项目；启东中科光电遥感中心先后与比利时弗拉芒研究所、美国蓝菲公司开展国际交流合作；北京大学长三角光电科学研究院获批省新型研发机构建设项目，在《科学》等众多国际顶尖期刊联合署名发表高水平学术论文60余篇，举办“首届长三角光电论坛”等多场分量足、含金量高的学术交流研讨活动。
据统计，2020年各引进大院大所共实施产学研合作项目240项，合作经费10852万元；服务企业504家，服务收入4890.23万元；获得省级以上科技计划项目19项，争取资金5878.1万元，累计获得授权发明专利361件、实用新型专利171件，累计成功孵化科技型企业62家，孵化企业2020年完成销售收入9869.64万元。
今年，根据省市关于重大科技创新平台建设部署，针对光电科学、船舶海工重点领域、细分行业梳理研发资源、创新主体、服务支撑等情况，围绕产业基础科学、前沿技术、核心关键技术等研究，确定未来重大创新平台布局方向，谋划筹建“江苏省船舶海洋工程技术创新中心”“光电科学紫琅实验室”。
全市企业研发机构高质量提升。拥有国家工程技术研究中心1家、国家企业技术中心11家，省企业重点实验室9家，省院士工作站11家，省工程技术研究中心389家。省级以上科研机构数量位于全省第一方阵。2021年，据省厅对创新能力建设计划项目（第一批）公示，北京大学长三角光电科学研究院入选省新型研发机构建设项目，全省仅4家；益诺思生物技术南通有限公司“江苏省新药一站式高效非临床评价公共服务平台”入选省公共服务平台项目，全省6家。项目立项数全省第二。组织新材料领域省级工程技术研究中心90家企业参加省绩效评估，“江苏省醋酸纤维素工程技术研究中心”等30家工程中心绩效考评结果为“优秀”，连续3年优秀率超过30%。组织中天科技、中远船务、联发纺织、神通阀门等4家企业参加省级企业重点实验室评估；组织24家单位参加第二届江苏企业（研发机构）创新大赛；推荐益诺思、鸿鹄电子、神州龙芯等3家企业申报江苏省研发型企业。
成功举办“清华大学创新领军工程博士长三角区域论坛（南通）”，400余名院士、专家、博士齐聚南通开展学术研讨，推动产研氛围持续高涨。积极为校政企合作牵线搭桥，120多名参会博士参观我市有感科技等科技型企业，推动创新成果落地开花，“乳腺癌智能设备”等多个项目初步达成合作意愿。